A Kiváló tudomány pillér célja az EU globális tudományos versenyképességének növelése. Az Európai Kutatási Tanács programjai révén támogatja a határon átnyúló kutatási projekteket, amelyeket a legkiválóbb kutatók pályáznak meg és hajtanak végre, a Marie Skłodowska-Curie Akciók révén ösztöndíjakat finanszíroz tapasztalt kutatók számára, doktori képzési hálózatokat, kutatói csereprogramokat és a fiatal kutatók karrierépítését segíti, továbbá világszínvonalú kutatási infrastruktúrákba fektet be.

A Globális kihívások és európai ipari versenyképesség pillér támogatja a társadalmi kihívásokkal kapcsolatos kutatást, és a klasztereken keresztül erősíti a technológiai és ipari kapacitásokat. Az EU missziói ambiciózus célok elérését tűzték ki a legnagyobb társadalmi kihívások (pl. klímaváltozás, rákkutatás, talajegészség) megoldása érdekében. A pillér magában foglalja a Közös Kutatóközpont tevékenységét is, amely tudományos elemzésekkel és technikai támogatással segíti az európai uniós és a nemzeti döntéshozókat.

Az Innovatív Európa pillér célja, hogy az Európai Innovációs Tanács programjai révén javítsa Európa helyzetét a piacteremtő innovációk támogatásában. A pillér az európai innovációs környezet fejlődését is segíti az európai innovációs ökoszisztémák fejlesztésével és az Európai Innovációs és Technológiai Intézet révén, amely elősegíti az oktatás, a kutatás és az innováció tudásháromszögének integrációját.

A részvétel szélesítése és az Európai Kutatási Térség megerősítése programrész támogatja az uniós tagállamok azon erőfeszítéseit, amelyek célja a nemzeti kutatási és innovációs potenciál maximális kihasználása, a gyengébb kutatási és innovációs teljesítményű országok (ún. widening-országok) kapacitásainak erősítése, valamint egy olyan Európai Kutatási Térség kialakítása, amelyben a kutatók, a tudományos ismeretek és a technológia szabadon áramolhatnak. A keretprogram előkészítése során folytatott politikai viták eredményeként a Widening akciókra fordítandó források a Horizont Európa költségvetésének 3,3%-ára emelkedtek.

A Horizont Európa program új eszközeként bevezetett missziók célja, hogy adott időkereteken belül látványos eredményeket érjenek el a legnagyobb társadalmi kihívások kezelésében az uniós, tagállami, regionális források és programok, valamint az ágazati szakpolitikák koordinációjával. Hangsúlyos elemként jelenik meg, hogy a missziók kialakításába és megvalósításába az érintettek minél szélesebb körét bevonják.